Lebih jauh, BIN bertanggung jawab kepada Presiden Republik Indonesia. Mereka juga menjadi koordinator penyelenggara intelijen negara lain seperti dari intelijen TNI, intelijen Polri, intelijen Kejaksaan Agung, hingga intelijen Kementerian/Lembaga pemerintah nonkementerian.
Saat ini, posisi Kepala BIN ditempati Jenderal Pol (Purn) Budi Gunawan.
2. Badan Intelijen Strategis (BAIS) TNI
Badan Intelijen Strategis atau BAIS TNI merupakan sebuah lembaga yang menangani intelijen kemiliteran. Adapun komandonya berada di bawah Mabes TNI.
Pada operasinya, BAIS bertugas melakukan suplai analisis intelijen yang aktual serta perkiraan ke depan dalam jangka pendek, jangka menengah, hingga jangka panjang kepada Panglima TNI dan Kementerian Pertahanan (Kemhan).
Melihat ke belakang, BAIS awalnya berasal dari Pusat Psikologi Angkatan Darat (PSiAD). Pada era Orde Baru (Orba), Dephankam mendirikan Pusat Intelijen Strategis (Pusintelstrat) yang diisi anggota-anggota PSiAD.
Sekitar 1980, Pusintelstrat dan Satgas Intel Kopkamtib dilebur menjadi Badan Intelijen ABRI (BIA). Pada 1986, namanya berubah menjadi BAIS dan berdampak kepada restrukturisasi organisasi. Sempat kembali menjadi BIA, namanya ditetapkan menjadi BAIS lagi setelah era Reformasi.
Menurut Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 62 Tahun 2016 tentang Perubahan Atas Peraturan Presiden Nomor 10 Tahun 2010 tentang Susunan Organisasi Tentara Nasional Badan Strategis TNI disebut BAIS TNI, tugasnya adalah menyelenggarakan kegiatan dan operasi intelijen strategis serta pembinaan kekuatan dan kemampuan intelijen strategis dalam rangka mendukung tugas pokok TNI.
Dipimpin seorang Kepala BAIS TNI, kedudukannya berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Panglima TNI. Saat ini, Kepala BAIS dijabat oleh Letjen TNI Yudi Abrimantyo.
3. Badan Intelijen dan Keamanan (Baintelkam) Polri
Berikutnya ada Badan Intelijen dan Keamanan (Baintelkam) Polri. Mengutip Jurnal Litbang Polri, Baintelkam merupakan sebuah badan pengemban ‘Fungsi Intelijen’ keamanan Polri yang berperan dalam memberikan masukan kepada pimpinan tentang perkembangan keamanan dan ketertiban dalam masyarakat.
